La Secretaría de la Función Pública (SFP) y la Secretaría de la Contraloría y Transparencia Gubernamental encontraron irregularidades en el manejo de los recursos de 21 programas federales, que se ejercieron desde el inicio del sexenio anterior.
Los resultados de las auditorías que abarcan un periodo de poco más de cinco años arrojaron que el gobierno del estado no ha solventado o aclarado el destino de un total de 4 mil 399 millones 846 mil 463.7 pesos, según un resumen entregado por la SFP a finales del año 2016 a través del sistema nacional de información y transparencia.
Entre los programas con mayores montos económicos con observaciones es el Fondo Regional (FONREGION) cuyo objetivo es apoyar a los 10 estados con menor Índice de Desarrollo Humano respecto del índice nacional, a través de programas y proyectos de inversión en infraestructura pública y equipamiento en salud, educación e infraestructura carretera, hidráulica y eléctrica.
Oaxaca es la tercera entidad del país con menor Índice de Desarrollo Humano, por encima de Guerrero y Chiapas, de acuerdo con el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo.
También se encuentra el programa Convenios para el Otorgamiento de subsidios con cargo al  programa presupuestario del ramo general 23 provisiones salariales y económicas (Programas Regionales) para la ejecución de programas y proyectos que tienen como objetivo el incremento del capital físico y/o la capacidad productiva de las entidades federativas
Así como recursos para Turismo, para el Seguro Popular, para la Infraestructura Básica para la Atención de los Pueblos Indígenas (PIBAI), para la Construcción y Rehabilitación de Sistemas de Agua Potable y Saneamiento en Zonas Rurales (PROSSAPYS), para la Atención de Desastres Naturales (FONDEN), entre otros programas de recursos federales destinados al combate a la pobreza y al desarrollo regional.
El FONREGION es el que tiene mayor número de observaciones de acuerdo al monto económico que no se ha solventado, según el reporte de la SFP. En cinco años, asciende a un total de 1 mil 844 millones 272 mil 267.5 pesos; en 2011, las irregularidades fueron de 448 millones 284 mil 892.5 pesos, en 2012 de 732 millones 641 mil 514.1 pesos, en 2013 de 57 millones 267 mil 961.1 pesos, en 2014 de 304 millones 102 mil 207.8 pesos, en 2015 de 301 millones 975 mil 692 pesos.
En el PIBAI, recursos destinados a los pueblos indígenas, se desconoce el destino de 446 millones 463 mil 383.1 pesos; en los Programas Regionales de 830 millones 864 mil 192 pesos y Turismo, 366 millones 964 mil 159.7 pesos.
En total son 21 los programas revisados por la SFP y la Secretaría de la Contraloría y Transparencia Gubernamental: FONDEN, FOROSS, PIBAI, PROSSAPYS, FCONCURSABLE, FONREGION, Programas Regionales, Convenios de Coordinación en Materia de Reasignación de Recursos de la Secretaría de Turismo y el Programa de Agua Potable, Alcantarillado y Saneamiento en Zonas Urbanas (APAZU).
Además están Fondos Metropolitanos, Seguro Popular, Vivienda Digna, el Programa de Construcción y Rehabilitación de Agua Potable y Saneamiento en Zonas Rurales, entre otros.
Los años 2011 y 2012 son los que registran mayores irregularidades en el manejo de los recursos públicos federales con 1 mil 551 millones 315 mil 129.1 pesos y 1 mil 266 millones 714 mil 812.8 pesos.
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